Le sujet de la pièce est basé sur des événements historiques : la mission Marchand, (une mission militaire et d'exploration en Afrique centrale), la bataille de Fachoda (un poste sur le Nil atteint par Marchand en juin 1898), et la crise de Fachoda, un incident diplomatique entre la France et le Royaume-Uni. Aux côtés de Marchand lui-même, parmi les personnages on trouve Horatio Herbert Kitchener, le sirdar de l'armée égyptienne chargé par les Britanniques de repousser toute invasion étrangère dans le Haut-Nil. La rencontre entre Kitchener et Marchand, évoquée à la fin de la pièce, a en fait eu lieu en septembre 1898. Pourtant, Tony Tardy choisit de s'arrêter là, même si au moment où il écrit la pièce, il connaît déjà l'issue de cette rencontre : les Français ont dû céder aux exigences britanniques et quitter Fachoda.

L'un des thèmes principaux de la pièce, caractéristique des cadres idéologiques de l'époque, est la question de la "race" et plus particulièrement le problème de l'identité des Africains colonisés. Ainsi, le tirailleur sénégalais Baissou ne se voit pas comme un "nègre noir", mais comme un "soldat français" (les tirailleurs sénégalais sont un corps militaire appartenant aux troupes coloniales de la France).

Sir William vient à Guignol pour lui proposer, ainsi qu'à Gnafron de partir en Afrique pour vendre des pilules qui ont le pouvoir de blanchir les Noirs et du cirage qui préserve la couleur de ceux qui veulent rester noirs. Les amis acceptent, en ignorant que le voyage commercial n'est qu'une couverture pour la vraie mission : empêcher le capitaine Marchand d'arriver à Fachoda. Ils sont rejoints par le docteur Béziclier, qui étudie les races, et sa fille Luce.

En Afrique, les affaires de Gnafron vont mal, personne ne s'intéresse à ses pilules. En revanche, le cirage vendu par Guignol a du succès. Guignol et Luce sont amoureux, mais Béziclier a déjà accepté de donner la main de sa fille à Friponi, leur guide qui en vérité sert les Anglais. Pourtant, l'Italien n'est pas amoureux de Luce, qui n'est qu'un outil au service de ses plans. Avec la complice de Bétéké et de ses compagnons il enlève Luce et l'esclave Naora qui l'accompagne. Puis Friponi annonce au docteur, à Guignol et à Gnafron la mauvaise nouvelle et part au "secours" des deux femmes. Il persuade Korouto, le roi de Bangala, que les Français veulent "tout massacrer et tout anéantir", et que lui, Friponi, peut empêcher ce crime. Pour cela, il a besoin de l'armée de Korouto, ce que le roi lui accorde. Quant à Luce, comme l'Italien n'en a pas besoin, le roi propose de l'offrir à Joudochik, un roi voisin.

Naora, qui n'est autre que la fille de Korouto, explique à son père que les Français sont venus pour commercer et non pour faire la guerre, et que Friponi est le vrai méchant. Le roi comprend qu'il a fait une erreur et décide d'aider les Français à retrouver Luce. Joudochik est prêt à rendre Luce à Guignol, si elle ne lui jette pas un mauvais sort. Luce accepte et lui promet la prospérité.

Friponi comprend qu'il doit lui-même arrêter les Français et met le feu dans la forêt. Guignol et Gnafron le rattrapent et le tuent. Guignol avec ses compagnons arrivent à Fachoda et se lie avec le Maddhi, chef du peuple soudanais. Le commandant Marchand annonce que la route Congo-Nil a été tracée. Sidar Kitchener, un officier anglais, le conteste: Khartoum est en leur pouvoir ainsi que Fachoda. Le commandant dit que ses soldats préfèrent mourir que de battre en retraite et l'Anglais décide de se retirer. Fachoda devient français.