Les Pygmées est le premier opéra monté par La Grille avec la Troupe Royale des Pygmées qu'il constitue pour cette occasion, et qu'il présente comme une « tragi-comédie ornée de musique, d'entrées de ballet, de machines, et de changements de théâtre ». Ses marionnettes ont « quatre pieds de haut » (environ 1,20 m) et agissent comme des personnes vivantes « sans qu'on les tienne suspendues ». Il s'agit donc vraisemblablement de figures manipulées par les dessous, grâce à des ouvertures ménagées dans le plancher de scène, comme celles inventées par Bartolomeo Neri et que décrit Gian Domenico Ottonelli dans son traité Della cristiana moderazione del teatro (1652). Sans doute La Grille s'inspire-t-il de la façon dont Filippo Acciaiuoli utilise ces marionnettes à la même époque dans ses propres spectacles.

Le Roi des Pygmées s'inquiète de l'arrivée des Grues et des risques de désordre que ses filles font courir aux généraux de son armée: Parvulie refuse d'épouser Picolus en souvenir de Timas à qui elle avait été promise et qu'on croit mort; et Pichonine est courtisée à la fois par Picolus et Belus. Le roi décide que le vainqueur du combat contre les Grues épousera Pichonine. Des signes néfastes ayant suivi un sacrifice, le Roi demande à Sémiandre et Homoncius d'interroger le Ciel. Pichonine avoue à Parvulie qu'elle aime Belus. Les messagers reviennent avec la promesse que Mars les assistera dans le combat contre les Grues. Timas reparaît et emprisonne les Grues dans des filets, permettant ainsi la victoire des Pygmées. Le Roi s'apprête à donner Pichonine à Picolus qui s'est déclaré comme le vainqueur des Grues. Microton annonce qu'un des généraux est mort, et dit qu'il s'agit de Belus. Mais c'est Picolus qui est mort, alors qu'il s'apprêtait à tuer son rival Belus. Belus et Timas reparaissent et sont accueillis comme les véritables vainqueurs. Parvulie peut épouser Timas, Pichonine croit devoir accepter Picolus comme époux et découvre qu'il s'agit de Belus. Apparitions successives de Mercure, du Soleil, de Mars et de Jupiter. Ballets de Vignerons et de Bergers.