El Prodigio de Amarante est la seule pièce d’António José da Silva écrite en castillan qui nous soit parvenue. Elle se distingue du reste des œuvres du dramaturge par la langue, mais aussi par le genre : il s’agit d’une forme hybride, empruntant à l’auto autant qu’à la comédie romanesque, deux genres caractéristiques du théâtre ibérique du 17e siècle. Peut-être présentée sans nom d’auteur au Pátio das Arcas au moment de sa réouverture, en 1737-1738, la pièce aurait été écrite entre 1728 et 1737 ; elle est restée manuscrite et ne figure pas dans l'édition des oeuvres de da Silva, rassemblées par Francisco Luís Ameno en 1759, et n'a été publiée qu'en 1967.

Dans El Prodigio de Amarante, le dramaturge s’appuie sur la littérature hagiographique pour raconter la vie de S. Gonçalo, au gré d’une intrigue édifiante, imprégnée de dévotion mariale. Le dramaturge double ce premier fil d’une intrigue amoureuse où D. Antonio fait figure de Don Juan mécréant, flanqué d'un ennemi avec lequel il multiplie les duels et de deux graciosos chargés de porter le registre burlesque. Les chants rendent sensible l’intrication de ces deux fils : chant pieux de l’aveugle, menuet de Flora, chœur des pauvres, musique mystérieuse figurant au nombre des dramatis personae et soupirs élégiaques de Rosaura se mêlent pour préparer l’apothéose finale. La représentation scénique de l’apparition de l’ange, celle de la Vierge ainsi que des miracles opérés par S. Gonçalo est rendue aisée par la figuration sous forme de marionnettes.

D. Antonio, neveu de Gonçalo, l’abbé de Vizella, fait la cour à Rosaura, pendant que son valet Guarín tente de séduire la servante Flora. D. Antonio révèle combien l'ennuient les sermons de son oncle, qui gâte sa rente en dons pour les pauvres. D. Carlos, le frère de Rosaura, intercepte un billet qui lui découvre l’amour de sa sœur pour D. Antonio. Il promet de venger ce déshonneur sur les deux amants. Sur les conseils d’un aveugle, Gonçalo décide de partir en pèlerinage pour Jerusalem. Il confie la gestion de l’abbaye à son neveu et lui demande de s’occuper des pauvres en son absence. Flora parvient à faire passer un message à D. Antonio de la part de sa maîtresse.
Resté seul maître de l'abbaye, D. António propage le bruit de la mort de son oncle afin de jouir de ses rentes et de son amour pour Rosaura. D. Carlos et son écuyer Roque surveillent la jeune fille et sa servante depuis un arbre, d’où ils aperçoivent D. Antonio et Guarín qui s'introduisent dans la maison : ils les provoquent en duel. On entend D. Carlos, à terre, supplier pour sa vie. Les deux valets se font peur mutuellement dans le noir, mais Roque finit par reconnaître Guarín et lui vole sa bourse. Rosaura, inquiète pour son frère, apprend avec soulagement qu'il est vivant. Alors que D. Antonio chasse les pauvres de l'abbaye, Gonçalo revient de son pèlerinage : Guarín, qui croit voir un fantôme, s’évanouit. D. Antonio refuse de reconnaître son oncle qui s’exile. D. Carlos rencontre Guarín, qu’il menace de mort : le serviteur décide de se retirer du monde. La Vierge apparaît à Gonçalo et lui suggère de suivre la règle des Dominicains.
Gonçalo est reçu par le prieur Gonçalves Telmo : il retrouve Guarín entré dans le même couvent. Rosaura, en proie au repentir, s’endort au bord d'une fontaine. D. Carlos la rencontre et tente de la tuer, mais Gonçalo retient providentiellement son bras. Rosaura décide de se convertir et s’enfuit dans la montagne, au désespoir de D. Antonio, qui refuse toujours de s'amender. Flora requiert la bénédiction de Guarín, moine ivrogne. Gonçalo sauve deux hommes de la noyade : un ange lui apparaît pour lui demander de bâtir un pont sur le Támega. Nouvelle Madeleine couverte de peaux de bêtes, Rosaura est débusquée par les chiens de D. Antonio qui la prennent pour une proie : elle se fait reconnaître au moment où le chasseur va la tuer. D. Carlos retrouve D. Antonio et le blesse à mort : ce dernier implore le pardon de son oncle, avant de mourir. La Vierge apparaît en gloire pour rappeler à elle Gonçalo ; Rosaura, pardonnée par son frère, entre dans un couvent de pénitentes. Guarín annonce la fin de la comédie.